No$gbaでセーブデータ形式を自動認識して起動してくれる
「377Launcher」が2chの裏技・改造板で公開されました。

Excelファイルを起動後、下の方にある「Config」タブをクリック。
ROMとNo$gbaの場所指定→リストの作成→拡張子削除→
セーブデータ形式の入力→BUM変換等をしなければなりませんが
Nds2xGL起動もできるので使用してみてはいかがでしょうか。

関連サイト:「ファイルリスト作成機」「セーブデータ形式一覧」